記得民國93年6月漁業署委外投放台東縣綠島龜灣的4座鋼鐵礁誤投在珊瑚礁上，引起珊瑚礁學會成員群起抗議責難，透過媒體、研討會、立委等各種管道一舉否定政府30年來推行人工魚礁政策的良行美意，也無視於地方政府及漁民的肯定與歡迎。
中央研究院研究員鄭明修博士擔任政院國家永續發展委員會委員，更在96年5月17日第21次工作會議上提案，「建議停止投放人工魚礁，並將其經費落實有效管理海洋保護區」。
中央研究院研究員陳昭倫博士96年11月12日發表一篇「人工魚礁的迷思」。整理國內外人工魚礁的學術研究報告，包括漁業目的與非漁業目的（例如，休閒潛水）。令人驚訝的是，針對人工魚礁的社會經濟效益和環境衝擊與效益的研究卻如鳳毛鱗角的少，因此，人工魚礁整體的成本效益總結必須小心的評估。進一步點出，台灣人工魚礁發展超過30年，從早期漁業資源的培育、防止底拖漁法、棲地保護到休閒潛水的觀光產業，人工魚礁的角色漸漸多樣化。但是，台灣周邊沿海的漁業資源仍舊枯竭是一個不爭的事實。而且近來在軍艦礁投放和在珊瑚礁區投放電線桿礁和鋼鐵礁對健康生態系的影響，使得保育學者和團體對30多年來投入將數10億新台幣的人工魚礁政策與執行上，引發相當大的質疑。人工魚礁在國內外雖然廣泛用於漁業和潛水觀光，但國外多篇重要的研究回顧都質疑人工魚礁的價值。一般而言，用於漁業目的的人工魚礁比起非漁業目的人工魚礁，對於環境具有更高的危險性。因為在許多情況下，人工魚礁會聚集現存的魚類系群，而不是全面增加魚類生產力。短期間，魚群可以很快的被聚集在人工魚礁周邊而增加釣獲率。但是在長期的效應下，如果被聚集到人工魚礁的魚量遠超過魚類生產力的話，人工魚礁明顯的聚魚效應將對魚類系群造成傷害，進而產生過漁效應。特別是對於已遭受超限利用的生態系，無疑的是雪上加霜。
兩年來，漁業署針對人工魚礁問題，召開數次學者專家、地方政府及漁民的檢討會議，提送多次檢討報告，鄭明修博士仍然在98年2月23日國家永續發展委員會工作分組會議上，再次建議「維護海洋生態資源永續發展，需檢討我國人工魚礁政策」。民國98年12月2日(星期三)上午9時30分，在行政院農業委員會第1012會議室召開行政院國家永續發展委員會生物多樣性組工作會議，探討我國人工魚礁政策。會議由行政院農業委員會胡興華副主任委員主持，邀請出席的有行政院國家永續發展委員會顧問鄭明修博士、專家委員李玲玲博士、邵廣昭博士，社團委員，其他專家學者有陳昭倫博士、郭道仁、柯金源、詹榮桂博士、謝寬永博士、田文敏、劉燈城博士等。
政策上漁業署一直以設立88處人工魚礁禁漁區自豪。事實上邵廣昭博士三年前就呼籲漁業署，先進行88處人工魚礁區魚礁總清查。在其「台灣人工魚礁發展的未來挑戰」一文裡，很中肯的建議進行魚礁總體檢，88處人工魚礁禁漁區，有礁體存在的魚礁區有幾處？其各類礁體沉埋、破損、存在分布情形如何？必須先查清楚。然後再就有礁體存在的魚礁區進行效益評估及多元利用分類管理，逐步將魚礁全面納入禁漁區，讓人工魚礁真正發揮培育資源的功能，而不是提供漁民增加漁獲的副漁具。
民國100年了，漁業署的科技計畫，還在委託學術單位進行問卷調查，作為日後設置人工魚礁方針上之參考依據。
